通常用于制作蓝纹奶酪的霉菌上会产生微量的有毒物质，不过日常食用的话还不足以危害到人类的健康。

几乎所有的蓝纹奶酪都是由娄地青霉发酵而成，娄地青霉会产生出6种生物碱毒素，统称霉菌毒素。不过，霉菌毒素中两种最具潜在毒性的生物碱毒素却不会在奶酪上生成，或者在奶酪上很快就分解了。

另外4种毒素在蓝纹奶酪中可检测到的含量大约只有百万分之几。目前还没有此类毒素对人类的毒性资料，不过就啮齿动物而言，只有当它们吃掉分量相当惊人的奶酪时才会出现中毒症状。在对啮齿动物研究中，科学家根据从最精确的实验所得出的结果计算并外推后发现，一个人一天要吃掉超过4.5千克的蓝纹奶酪才可能会对身体造成伤害。

奶酪消费中潜在的最大问题实际上其他霉菌所造成的污染，比如像曲霉菌和其他各种霉菌所造成的污染等。举例来说，曲霉菌会产生毒性非常强烈的黄曲霉素。在谷物和花生的贮存过程中就会产生黄曲霉素，当然在奶酪中还没有出现类似的报道。